تم اعتماد كلية الزراعة والموارد الطبيعية كواحدة من كليات جامعة بخت الرضا عند اعلان قيامها في العام 1997م وكانت البداية الفعلية للكلية في يوليو 1998م. تم قبول مائة طالب وطالبة كدفعة أولى وقد بدأت الدراسة في العام الأول بمباني كلية التربية ثم انتقلت في العام 1999م الى موقععها الأساسي بمدرسة النيل الأبيض الثانوية بعد اكتمال أعمال الصيانة، ويعتبر الأستاذ بشير بلة حاج احمد زهران أول عميد للكلية.

بدأت الكلية بعدد أربعة أقسام هي قسم الانتاج الحيواني ، قسم وقاية المحاصيل، قسم الارشاد الزراعي والتنمية الريفية وقسم انتاج المحاصيل. ثم اضيفت الأقسام قسم علوم البساتين، قسم الهندسة الزراعية وقسم علوم الغابات والمراعي، وأخيراً قسم الاقتصاد الزراعي وقسم علوم وتكنولوجيا الأغذية ليصبح عدد الأقسام تسعة أقسام.